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2．1 种子种苗的提纯复壮和优良种品选育工作滞后，造成中药材的质量不稳定
由于大多数药用植物引种栽培历史较短，因此保留着许多野生性状，栽培的中药材种质混杂，表现为种内变异的多样性。种子种苗的提纯复壮和优良品种选育工作不及时，是造成中药材质量极不稳定的主要原因。
2．2 中药材中农药残留、有害重金属含量超标
在栽培过程，中药材往往遭受到多种病虫病的危害，直接影响中药材的产量和质量，造成重大经济损失。1997年国家中医药局组织有关单位对中药材植保问题开展调研，调研结果认为药用植物病虫害防治是中药材生产中最为薄弱的环节。病虫害种类多、危害重、损失大，由于药农对农药缺乏有关常识，滥用、误用农药问题突出。中药材中的农药残留问题，直接影响人体健康，阻碍中药走向国际市场。
